감사원 정기감사, 인천지방국세청 521억 원대 부실 행정 적발… 249억 양도세 방치

인천·경기 서북부 지역의 세정을 총괄하는 인천지방국세청이 부당 감면을 방치해 수백억 원대의 세금을 덜 걷는가 하면, 법적 근거도 없이 세금을 과다 징수하는 등 총 521억 원 규모의 행정 부실을 저지른 사실이 감사원 정기감사에서 드러났다.

감사원은 25일 이 같은 내용을 담은 ‘인천지방국세청 정기감사’ 주요 결과를 발표하고, 위법·부당 사항 총 30건(주의 11건, 통보 19건)을 적발해 인천국세청에 조치 요구 및 통보했다고 밝혔다.

이번 감사를 통해 추가 추징되는 세금은 약 500억 원이며, 잘못 거두어 납세자에게 돌려주어야 할 환급금은 21억 원 규모다.

2019년 개청한 인천국세청은 2급 지방국세청 중 세수 규모가 가장 큼에도 그동안 정기감사를 받지 않다가, 지난해 10~11월 처음으로 정기감사를 받았다.

가장 묵과할 수 없는 부실 행정사례는 레미콘 제조·판매업체 A·B사의 주식 매각 과정에서 발생한 양도소득세 누락 사건이다.

현행법상 자산 중 부동산 비율이 50% 이상인 법인의 과점주주가 지분 50% 이상을 양도할 경우 최고 45%의 누진세율이 적용된다.

A·B사의 과점주주 7명은 2023년 두 회사의 지분 100%를 매각하면서, 직전 연도까지 56.8%~67.1%에 달하던 부동산 보유 비율을 매각 시점에 49.7%~49.1%로 낮춰 단일세율(25%)로 양도세를 편법 신고했다.

인천국세청은 2024년 8월 이를 의심해 해명자료를 요구했으나, 소명이 불충분함에도 세무조사나 추가 자료 요구 없이 2025년 11월까지 사건을 그대로 방치했다.

감사원 재조사 결과 과점주주들은 외상매출금을 과다 계상하는 방식으로 자산총액을 부풀려 부동산 비율을 낮춘 것으로 확인됐으며, 이로 인해 덜 걷힌 양도세만 249억 원에 달했다.

세무조사와 세원관리의 총체적 부실도 무더기로 표출됐다. 인천국세청은 세무조사 과정에서 특수관계인 간 고가 매입 등 부당거래를 확인하고도 증여세 과세 규정 검토를 소홀히 해 17개 법인 지배주주 25명에게 부과해야 할 증여세 45억 원을 놓쳤다.

아버지가 운영하는 회사에서 250억 원을 무상으로 빌린 아들에게 증여세 2억 5,000만 원을 부과하지 않고 수년간 방치한 사례도 적발됐다.

반면, 과세권을 남용해 세금을 더 징수한 사례도 드러났다. 비상장주식 상속세 부과 과정에서 법적 근거가 없는 감정평가액을 임의 적용해 부동산 보유 비율을 높임으로써 상속세 6억 9,000만 원을 부당하게 더 걷었는가 하면, 재활용 폐자원 세액공제 검토 부실로 법인세 14억 3,000만 원을 덜 환급하기도 했다.

산하 세무서들의 행정 부실도 심각했다. 부평세무서는 기존 기획재정부 예규나 선결례 확인 없이 세무대리인의 주장만 믿고 기술혁신형 주식취득 세액공제를 부당 적용해 법인세 10억 7,000만 원을 잘못 환급했다가 이번 감사에서 시정됐다.

또한 파주·서인천세무서 등 산하 6개 세무서는 가공 세금계산서 관련 자료를 확보하고도 공소시효(7년)가 지나서야 뒤늦게 조사에 착수하거나 범칙조사 대상 기준을 잘못 적용해 총 13억 5,000만 원 상당의 범칙금(통고처분) 기회를 스스로 날려버렸다.

감사원은 인천지방국세청에 부동산 비율 재조사를 통한 양도세 249억 원 추징 및 조세포탈 시 조세범칙 처분을 통보하고, 부실 과세 및 과소 환급액을 성실히 정산·환급 조치할 것과 함께 철저한 재발 방지책 마련을 강력히 요구했다.